Penataan tatalaksana bertujuan untuk meningkatkan efektivitas dan efisiensi sistem, proses dan prosedur kerja pada Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Makassar. Salah satu yang perlu diciptakan adalah dengan menerapkan Sistem Pemerintahan Berbasis Elekronik (SPBE) yang akan menjadi acuan dalam integrasi proses bisnis, data, infrastruktur, aplikasi dan keamanan SPBE untuk menghasilkan keterpaduan secara nasional.